برنامه بورسیه تحصیلی مشترک، برنامه بورسیه ویژه طراحی شده که با همکاری سازمان های بین المللی و سایر نهادهای دولتی به گروههای خاص ارائه می شود.
این برنامه ها؛
1) برنامه بورسیه تحصیلی تاریخ علوم اسلامی فوات سزگین و
2) برنامه بورسیه تحصیلی دانشجویان سوری می باشند.